Многие города в Западной Европе и в России предоставляли звание почетного гражданина лицам, известным своими заслугами. Этот почетный титул не был связан ни с обязанностями, ни с привилегиями. Так и в Ново-Николаевске в 1908 г. было учреждено это звание.
Первым почетным гражданином города стал министр императорского двора, генерал-адъютант барон В. Б. Фредерикс (1838−1927) «…ввиду его заслуг городу в деле выкупа земель у Кабинета Его Величества». Но 6 марта 1917 г. чрезвычайное заседание Новониколаевской Городской Думы постановило: «Первого Почетного гражданина города Новониколаевска, министра Двора, графа Фредерикса лишить этого почетного звания» — за то, что тот своей подписью скрепил отречение Николая II от престола, т. е. фактически согласился с отставкой императора.
В 1910 г. «за многочисленные заслуги в деле оказания помощи городу при пожаре 1909 г.» звания был удостоен Николай Львович Гондатти (1863−1946) — начальник Томской губернии, действительный статский советник, камергер Высочайшего двора, первый и последний гражданский губернатор Приамурского края.
В 1914 г. «за понесенные им труды на пользу города в течение пяти лет руководства городской Думой» (с 9 января 1909 г. по 17 марта 1914 г.) звания удостоен Владимир Ипполитович Жернаков (1878−1942), первый городской голова Новониколаевска.
Впоследствии важность института почетных граждан заслонили события 1917 г. и последующие преобразования в стране. В 1943 г. на этапе подготовки празднования 50-летия города Новосибирска среди предложений значились разработка проекта герба города и Положения об учреждении звания «Почетный гражданин города Новосибирска» — но не случилось…
Традиция почетного гражданства была возрождена в Новосибирске в 1967 г. по инициативе председателя городского исполкома Ивана Павловича Севастьянова (1918−1996). Первыми почетными гражданами в советской истории города стали участник Гражданской войны И. В. Громов, Герой Социалистического Труда строитель Я. М. Еличев и трижды Герой Советского Союза летчик А. И. Покрышкин.
Вплоть до 1996 г. звание «Почетный гражданин Новосибирска» присваивалось по инициативе городских руководителей без какой-либо узаконенной системы, в некотором смысле стихийно. Положение о звании, утвержденное городским Советом в 1996 г., упорядочило эту процедуру: Совет депутатов решил присваивать звание один раз в два года по представлению мэра. Депутаты утвердили новое название титула — «Почетный житель города». «Лицу, удостоенному звания «Почетный житель города», в День города торжественно вручается удостоверение и нагрудный знак. Имена и фотографии лиц, удостоенных звания «Почетный житель города», заносятся в книгу «Почетные жители города. Почетным жителям Новосибирска положена ежемесячная выплата» (решение Совета депутатов города Новосибирска № 1075 от 15.10.2008; в 2023 г. ее размер составил 54 тыс. руб. Выплата вдовам и вдовцам почетных жителей Новосибирска составляет 27 157 руб.).
Совет депутатов Новосибирска принял решение присваивать статус «Почетного жителя города Новосибирска» также и посмертно. На 2023 г. почетного звания были удостоены 42 человека. (Уникальный случай в истории звания: 22 августа 1990 г. Президиум горсовета присвоил звание почетного гражданина Новосибирска мэру города-побратима Саппоро господину Такеси Итагаки.)
2 мая 2023 г. на сайте мэрии появилась информация о присвоении звания «Почетный житель города» еще десяти уроженцам Новосибирска:
Б. С. Галущаку (1934−1999), директору Новосибирского приборостроительного завода им. В. И. Ленина, за большой вклад в социально-экономическое развитие города Новосибирска (посмертно);
Ю. В. Кондратюку (1897−1942), одному из основоположников космонавтики — за большой вклад в становление и развитие космонавтики (посмертно);
А. Ю. Кикиной, космонавту-испытателю;
В. Г. Косьяненко, директору «Гимназии № 1»;
И. Э. Минх, директору Ассоциации «Некоммерческое партнерство баскетбольный клуб „Динамо“», чемпионке Олимпийских Игр 1992 г.;
С. А. Позднякову, президенту Общероссийского союза общественных объединений «Олимпийский комитет России», четырехкратному олимпийскому чемпиону по фехтованию на саблях;
В. В. Репину, президенту Фонда поддержки Транссибирского Арт-Фестиваля;
В. Г. Томилову, советнику директора Новосибирского филиала общества с ограниченной ответственностью «Сибирская генерирующая компания»;
Г. И. Шилохвостову, председателю контрольно-счетной палаты города Новосибирска;
В. Э. Эйснеру, художественному руководителю общества с ограниченной ответственностью «Киностудия Азия-фильм».